Maaeluministeeriumi tegevuse eesmärgiks on luua tingimused Eesti maaelu, põllu- ja kalamajanduse jätkusuutlikuks ja mitmekesiseks arenguks, tagada ohutu ja nõuetekohane toit ja sööt ning hea loomatervise ja -kaitse ning taimetervise ja -kaitse alane olukord maaelu-, põllumajandus- ja kalanduspoliitika väljatöötamise, elluviimise ja tulemuste hindamise ning toiduohutuse, loomatervise ja -kaitse ning taimetervise ja -kaitse nõuete väljatöötamise ja rakendamise korraldamise kaudu.