Meditsiiniteenistuse missioon on pakkuda kaitseväelastele haigestumise, õnnetuse või vigastada saamise korral meditsiiniabi, mis vastab Eesti tervishoiuteenuste osutamise headele tavadele ja kehtestatud standarditele. Põhieesmärgid on vähendada haigestumiste ja vigastuste esinemissagedust ning vajadusel anda asjakohast ja efektiivset ravi.