Majandusanalüüsi ja rahanduse instituudi tegevust iseloomustavad põhilised märksõnad on kvantitatiivne majandusanalüüs ja rahandus, kaasaegsed kontseptuaalsed lähtekohad majandussüsteemi toimimise mõistmiseks, majandus-, rahandus- ja poliitikamõjude ning -protsesside tõenduspõhine uurimine, kõrgetasemeline teadustöö, interdistsiplinaarsus, rahvusvaheline koostöö, rakenduslikkus ja teaduspõhine õppetöö.