Toetuse väejuhatuse eesmärk on tagada Eesti Kaitseväe võitlusvalmidus ja jätkusuutlikus vajalike materjalide, teenuste ja väljaõppega. Olgu see logistika, meditsiini, sotsiaal- ja psühholoogiaalase toetuse või ajateenijate väljaõppega seotud ülesanded.