Mereväe ülesandeks on riigipiiri valvamine merel, mis saavutatakse läbi mereolukorrateadlikkuse loomise. Lisaks on merevägi vastutav merereostuse avastamise ja likvideerimise eest Eesti merealal. Merevägi osaleb otsingu- ja päästetööl Eesti päästepiirkonnas.

Mereväe laevade kodusadam on Põhja-Tallinnas asuv Miinisadam, mis on võimeline vastu võtma ka NATO ja teiste liitlasriikide sõjalaevu ning tagama vajalikud sadamateenused.